El acceso al menú de configuración se realiza mediante un código a definir la primera vez que se utiliza el programa para evitar manipulaciones indeseadas.
 
Mediante el icono del lápiz, se agregan los elementos interactivos a la pantalla y se modifica la imagen de fondo que puede obtenerse mediante la toma de fotografías, imágenes del carrete, imagen de la base de datos del programa o búsqueda directa en internet.
 
Los iconos de los elementos interactivos pueden elegirse, no están pre asociados, por lo que la configuración permite establecer el código que se estime más oportuno (por ejemplo asignar cuadrados azules a los vídeos, círculos rojos a los sonidos, estrellas amarillas a las secuencias, etc.). Se pueden seleccionar este tipo de iconos u otros símbolos que conforman la base de datos de la aplicación.
 
El tamaño de los iconos se puede establecer para que sean más o menos llamativos respecto al fondo. Además se pueden personalizar en cuanto a color del borde, transparencia, etc. Las acciones que reproducen se definen en el momento de la configuración, y es posible editarlos o borrarlos en cualquier momento.
 
Además de los elementos interactivos, es posible configurar en el icono de la carita sonriente, el comunicador, elegir las categorías e imágenes que las componen, escribir su nombre y seleccionar si la voz que reproduzcan será grabada o sintetizada.
 
Desde la pantalla de configuración se accede a un tercer icono, una estrella con tres tarjetas en la que se definen las secuencias preestablecidas que sirven como apoyo para la realización de tareas por pasos. Estas secuencias constan de tres pasos y un refuerzo final. En cada paso puede definirse imagen o vídeo, locución asociada y duración. Cuando se reproducen estas secuencias, el tiempo se marca visualmente mediante un reloj verde transparente que va desapareciendo a medida que transcurre a modo de temporizador. La persona pulsa sobre las imágenes según va completando los pasos de la tarea y finalmente el refuerzo aparece a pantalla completa.
 
Finalmente existen unas posibilidades de configuración generales que permiten definir usuarios, posibilitando el uso de un mismo dispositivo por varias personas y compartir e importar contenidos, ya sea por email o por iTunes. Además se puede elegir el género de la voz sintetizada, el tamaño de la fuente para las palabras escritas que acompañan a las imágenes y seleccionar otras opciones técnicas entre las que se puede destacar la activación del GPS del dispositivo para mostrar los contextos en función de la ubicación de la persona.
 
Debido a todas las posibilidades de configuración que ofrece AutisMate, y para facilitar su aprendizaje y uso, la empresa desarrolladora en su página web ofrece numerosos video tutoriales y webinarios que contribuyan a mejorar el uso de esta potente herramienta.